Матрицы весов аминокислотных замен

Множественное выравнивание блока из базы данных BLOCKS, отвечающего белку RHO_ECOLI

Назад

                                                                                                                                                 
                                  *         *         *         *         *         *         *         *         *         *       5 5          
O 8 4 4 9 8 | 2 7 7   :   T F D E Q P D R H I Q V T E M V I E K A R R L V E H G K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V Q P H S G K I L   :   5 5
Q 5 W B 5 0 | 2 2 9   :   T F D E V P E N H I K V A E L V L E R A M R L V E H K K D V V I L M D S I T R L A R A Y N L V I P P S G R T L   :   5 5
Q 5 W S L 5 | 2 3 1   :   T F D E P A N R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K R D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V V P A S G K V L   :   5 5
Q 5 X 0 U 4 | 2 3 1   :   T F D E P A N R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K R D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V V P A S G K V L   :   5 5
Q 5 Z 0 Z 4 | 4 8 6   :   T F D R P P S D H T S V A E L A I E R A K R L V E M G K D V V V L L D S I T R L G R A Y N N S S P A S G R I L   :   5 5
Q 5 Z R E 8 | 2 3 4   :   T F D E P A N R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K R D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V V P A S G K V L   :   5 5
Q 6 0 C P 9 | 2 3 1   :   T F D E P P A R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K R D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V V P S S G K V L   :   5 5
Q 6 2 J U 5 | 2 3 1   :   T F D E P A T R H V Q V A E M V I E K A K R L V E M K H D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V I P A S G K V L   :   5 5
Q 6 3 0 R 6 | 2 2 9   :   T F D E V P E N H I K V A E L V L E R A M R L V E H K K D V I I L M D S I T R L A R A Y N L V I P P S G R T L   :   5 5
Q 6 3 U V 1 | 2 3 1   :   T F D E P A T R H V Q V A E M V I E K A K R L V E M K H D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V I P A S G K V L   :   5 5
Q 6 4 R C 3 | 5 0 0   :   T F D E P A E R H V K I A G I V L E K A K R L V E C G H D V V I F L D S I T R L A R A Y N T V S P A S G K V L   :   5 5
Q 6 5 D U 4 | 2 3 0   :   T F D E V P E N H I K V A E L V L E R A M R L V E H K K D V I I L M D S I T R L A R A Y N L V I P P S G R T L   :   5 5
Q 6 5 R G 6 | 2 6 4   :   T F D E P A S R H V Q V A E M V I E K A K R S V E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V T P A S G K I L   :   5 5
Q 6 6 G 1 7 | 2 3 1   :   T F D E P A S R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K K D V I I L L D S I T R L A R A Y N T V V P A S G K V L   :   5 5
Q 6 6 V 7 3 | 2 2 9   :   T F D E V P E N H I K V A E L V L E R A M R L V E H K K D V V I L M D S I T R L A R A Y N L V I P P S G R T L   :   5 5
Q 6 8 W L 0 | 2 5 5   :   T F D E P A S R H V Q L A E M V I E K A K R L V E H K K D V V I L V D A I T R L A R A Y N T V V P S S G K V L   :   5 5
Q 6 A 8 B 3 | 4 4 0   :   T F D R P A D D H T Q L S E L A I E R A K R L V E L G H D V V I L L D G I T R L G R A Y N L A A P A S G R I L   :   5 5
Q 6 A G 7 2 | 5 0 3   :   T F D R L A E D H T T V A E L A I E R A K R L V E L G H D V V V L L D S I T R L G R A Y N L T A P A S G R I L   :   5 5
Q 6 A J M 3 | 2 2 9   :   T F D E P P Q R H I Q V A E M V I E K A K R L V E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V T P A S G K I L   :   5 5
Q 6 C Z E 1 | 2 3 1   :   T F D E P A S R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K K D V I I L L D S I T R L A R A Y N T V V P A S G K V L   :   5 5
Q 6 F 8 7 6 | 2 3 1   :   T F D E S P A R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V I P S S G K V L   :   5 5
Q 6 F Y B 7 | 2 3 4   :   T F D E P A M R H V Q V A E M V I E K A K R L V E Y G R D V V I L L D S I T R L G R A Y N T V V P S S G K V L   :   5 5
Q 6 G 1 K 7 | 2 3 4   :   T F D E P A I R H V Q V A E M V I E K A K R L V E Y G R D V V I L L D S I T R L G R A Y N T V V P S S G K V L   :   5 5
Q 6 G 7 I 9 | 2 4 0   :   T F D E P P E H H V K V A E L L L E R A K R L V E I G E D V I I L M D S I T R L A R A Y N L V I P P S G R T L   :   5 5
Q 6 G E V 4 | 2 4 0   :   T F D E P P E H H V K V A E L L L E R A K R L V E I G E D V I I L M D S I T R L A R A Y N L V I P P S G R T L   :   5 5
Q 6 H A V 1 | 2 2 9   :   T F D E V P E N H I K V A E L V L E R A M R L V E H K K D V I I L M D S I T R L A R A Y N L V I P P S G R T L   :   5 5
Q 6 I V R 7 | 2 3 1   :   T F D E P P T R H V Q V A N M V I E K A K R L V E H K K D V V I L L D S I T R L G R A Y N A V Q P A S G K I L   :   5 5
Q 6 L L L 7 | 2 6 6   :   T F D E P A S R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V V P S S G K V L   :   5 5
Q 6 M E Q 4 | 2 7 4   :   T F D E P P E R H V Q V A E M A I E K A R R L V E H G N D V V I L L D S I T R L A R A Y N T I Q P H S G K I L   :   5 5
Q 6 M R L 2 | 3 9 2   :   T F D E P P T R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K H D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V V P P S G K I L   :   5 5
Q 6 N D 1 3 | 2 3 4   :   T F D E P A V R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H G R D V V I L L D S I T R L G R A Y N T V V P S S G K V L   :   5 5
Q 6 N H U 1 | 4 8 9   :   T F D R P P S E H T A V A E L A I E R A K R L V E Q G Q D V V V L L D S I T R L G R A Y N N S S P A S G R I L   :   5 5
Q 6 Q 9 2 5 | 2 3 1   :   T F D E P P T R H V Q V A N M V I E K A K R L V E H K K D V V I L L D S I T R L G R A Y N S V Q P A S G K I L   :   5 5
Q 6 T G 0 3 | 2 4 5   :   T F D L P A Y N H V R V A E L V I E K A K R M V E T G K D V I I L L D S I T R L A R A Y N T A T P S S G K V L   :   5 5
Q 7 1 W M 8 | 2 3 0   :   T F D E V P E N H I K V A E L V L E R A M R L V E Q K R D V V I L M D S I T R L A R A Y N L V I P P S G R T L   :   5 5
Q 7 2 B R 3 | 2 2 9   :   T F D E P P Q R H V Q V C E M V L E K A K R L V E R K R D V V I L L D S I T R L G R A Y N A V T P S S G R V L   :   5 5
Q 7 2 J R 8 | 2 3 8   :   T F D E P P Q N H I R V A E F V H E R A K R I V E E G G H V M I L L D S I T R L A R A N N L V T P P T G R T L   :   5 5
Q 7 2 P 4 0 | 2 9 4   :   T F D E P A Q R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H G K D V V I L L D S I T R L A R A Y N Q V I P T S G K I L   :   5 5
Q 7 2 X B 8 | 2 2 9   :   T F D E V P E N H I K V A E L V L E R A M R L V E H K K D V I I L M D S I T R L A R A Y N L V I P P S G R T L   :   5 5
Q 7 3 G Y 4 | 2 4 8   :   T F D E P A Y R H I Q L A E I V I E K A K R M V E H K K D V V I L L D N I T R L A R A Y N A V I P S S G K V L   :   5 5
Q 7 3 M K 5 | 3 5 5   :   T F D E Q A T R H V Q V A E M V L E K A K R L V E H K R D V V I L L D S I T R L A R A Y N Q T M P T S G K V L   :   5 5
Q 7 3 X 4 6 | 4 2 4   :   T F D R P P S D H T S V A E L A I E R A K R L V E Q G K D V V V L L D S I T R L G R A Y N N A S P A S G R I L   :   5 5
Q 7 4 8 A 7 | 2 2 8   :   T F D E P A T R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K R D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V L P P S G K I L   :   5 5
Q 7 A 0 B 8 | 2 4 0   :   T F D E P P E H H V K V A E L L L E R A K R L V E I G E D V I I L M D S I T R L A R A Y N L V I P P S G R T L   :   5 5
Q 7 B P R 7 | 2 4 5   :   T F D L P A Y N H V R V A E L V I E K A K R M V E T G K D V I I L L D S I T R L A R A Y N T A T P S S G K V L   :   5 5
Q 7 M 9 M 8 | 2 6 4   :   T F D M P A H N H I R V A E L V I E K A K R S V E M G R D V V I L L D S I T R L A R A Y N T A T P S S G K V L   :   5 5
Q 7 M G P 9 | 2 3 9   :   T F D E P A S R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V V P S S G K V L   :   5 5
Q 7 M X 7 9 | 4 7 1   :   T F D E P A E R H V K I A E I V L N K A K R M V E C G H D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V Q P A S G K V L   :   5 5
Q 7 M Y L 4 | 2 3 1   :   T F D E P A S R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K K D V I I L L D S I T R L A R A Y N T V V P A S G K V L   :   5 5
Q 7 N X P 1 | 2 3 1   :   T F D E P A T R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V V P A S G K V L   :   5 5
Q 7 P 8 M 3 | 2 6 3   :   T F D E P A S R H V Q L A E M V I K K A K R L V E H K K D V V I L V D A I T R L A R A Y N T V V P S S G K V L   :   5 5
Q 7 V K 6 9 | 2 4 1   :   T F D M P A T N H I R V A D L V I E S A K R K V E M G K D V V I L L D S I T R L A R A Y N A A T P S S G K V L   :   5 5
Q 7 V M S 4 | 2 3 2   :   T F D E P A T R H V Q V A E M V I E K A K R S V E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V T P V S G K I L   :   5 5
Q 7 V R M 2 | 2 3 1   :   T F D E P A S R H V Q V S E M V I E K A K R L V E H K K D V I V L L D S I T R L A R A Y N T I A P S S G K V L   :   5 5
Q 7 V Y P 9 | 2 3 1   :   T F D E P A T R H V Q V A E M V I E K A K R L V E M K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V V P A S G K V L   :   5 5
Q 7 W 9 9 1 | 2 3 1   :   T F D E P A T R H V Q V A E M V I E K A K R L V E M K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V V P A S G K V L   :   5 5
Q 7 W H H 6 | 2 3 1   :   T F D E P A T R H V Q V A E M V I E K A K R L V E M K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V V P A S G K V L   :   5 5
Q 8 1 4 T 8 | 2 2 9   :   T F D E V P E N H I K V A E L V L E R A M R L V E H K K D V I I L M D S I T R L A R A Y N L V I P P S G R T L   :   5 5
Q 8 1 J W 8 | 2 2 9   :   T F D E V P E N H I K V A E L V L E R A M R L V E H K K D V I I L M D S I T R L A R A Y N L V I P P S G R T L   :   5 5
Q 8 2 0 N 0 | 2 3 1   :   T F D E S A A R H V Q V A D M V I E K A K R L V E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T I V P A S G K V L   :   5 5
Q 8 2 4 L 5 | 2 7 7   :   T F D E Q P E R H I Q V A E M V I E K A R R L V E H G K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V Q P H S G K I L   :   5 5
Q 8 2 J 6 7 | 4 9 1   :   T F D R P A E D H T T V A E L A I E R A K R L V E L G H D V V V L L D S I T R L G R A Y N L A A P A S G R I L   :   5 5
Q 8 3 6 E 4 | 2 3 1   :   T F D Q Q P Q N H T R V A E L V L D R A M R L V E D K R D V V I L M D S I T R L A R A Y N L V V P P S G R T L   :   5 5
Q 8 3 A 2 5 | 2 3 1   :   T F D E P A S R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V I P A S G K V L   :   5 5
Q 8 7 9 Y 4 | 2 3 9   :   T F D E P A A R H V Q V A E M V I E R A K R L I E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N N V V P S S G K V L   :   5 5
Q 8 7 K H 7 | 2 3 1   :   T F D E P A S R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V V P S S G K V L   :   5 5
Q 8 7 U Q 4 | 2 3 1   :   T F D E P P T R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V I P S S G K V L   :   5 5
Q 8 8 C G 7 | 2 3 1   :   T F D E P P T R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V I P S S G K V L   :   5 5
Q 8 8 Z 5 3 | 2 3 1   :   T F D Q Q P Q N H V R V A E L V L E R A R R L V E D K Q D V I I L L D S I T R L T R A Y N L V I P S S G R T L   :   5 5
Q 8 9 8 Z 0 | 3 0 2   :   T F D E E P E H H T K V A Y M V L E R A K R M V E Q G Q N V V I L L D S L T R L A R A Y N L T I N P T G R T L   :   5 5
Q 8 9 W P 3 | 2 3 4   :   T F D E P A V R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H G R D V V I L L D S I T R L G R A Y N T V V P S S G K V L   :   5 5
Q 8 A 7 C 9 | 5 3 5   :   T F D E P A E R H V K I A G I V L E K A K R L V E C G H D V V I F L D S I T R L A R A Y N T V S P A S G K V L   :   5 5
Q 8 C J R 6 | 4 9 8   :   T F D R P A E D H T T V A E L A I E R A K R L V E L G H D V V V L L D S I T R L G R A Y N L A A P A S G R I L   :   5 5
Q 8 C N I 6 | 2 4 0   :   T F D E P P E H H V K V A E L L L E R A K R L V E I G E D V I I L M D S I T R L A R A Y N L V I P P S G R T L   :   5 5
Q 8 D 2 Q 1 | 2 3 1   :   T F D E P S S R H V Q V S E M V I E K A K R L V E H K K D V I I L L D S I T R L A R A Y N T V V P A S G K V L   :   5 5
Q 8 D D N 8 | 2 3 1   :   T F D E P A S R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V V P S S G K V L   :   5 5
Q 8 E J Q 7 | 2 3 1   :   T F D E P A S R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V I P S S G K V L   :   5 5
Q 8 E M 5 7 | 2 3 2   :   T F D E V P E S H I K V S E L V L E R A M R L V E H K R D V I V L M D S I T R L A R A Y N L V I P P S G R T L   :   5 5
Q 8 F 7 C 5 | 2 9 4   :   T F D E P A Q R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H G K D V V I L L D S I T R L A R A Y N Q V I P T S G K I L   :   5 5
Q 8 F Q 3 2 | 5 7 8   :   T F D R P P S E H T A V A E L A I E R A K R L V E Q G Q D V V V L L D S I T R L G R A Y N N S S P A S G R I L   :   5 5
Q 8 F Y 2 6 | 2 3 4   :   T F D E P A A R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H G R D V V I L L D S I T R L G R A Y N T V V P S S G K V L   :   5 5
Q 8 G 7 7 4 | 4 9 1   :   T F D R P A S D H T T V A E L A V E R A K R L V E L G Q D V V V L L D S M T R L A R A Y N I A A P A S G R I L   :   5 5
Q 8 K F Q 8 | 2 4 2   :   T F D E D P E R H V Q V A D M V L E K A K R L V E V G H D V V I L L D S I T R L A R A H N T I I P H S G K I L   :   5 5
Q 8 K Y T 7 | 2 3 1   :   T F D E P A T R H V A V S E M V I E K A K R L V E H K R D V V I L L D S I T R L G R A F N T V V P S S G K V L   :   5 5
Q 8 N R 5 8 | 5 6 1   :   T F D R P P S E H T A V A E L A I E R A K R L V E Q G Q D V V V L L D S I T R L G R A Y N N S S P A S G R I L   :   5 5
Q 8 P 4 D 2 | 2 3 9   :   T F D E P A A R H V Q V A E M V I E R A K R L V E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N N V V P S S G K V L   :   5 5
Q 8 P F Z 1 | 2 3 9   :   T F D E P A A R H V Q V A E M V I E R A K R L V E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N N V V P S S G K V L   :   5 5
Q 8 R D A 3 | 2 9 6   :   T F D E L P E H H I K V A E M V L E H A K R L V E Y K R D V V I L L D S I T R L A R A Y N L V T P P S G R T L   :   5 5
Q 8 U B L 8 | 2 3 4   :   T F D E P A V R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H G R D V V I L L D S I T R L G R A Y N T V V P S S G K V L   :   5 5
Q 8 X I B 4 | 2 8 6   :   T F D E E P Q N H A K V S S I V L E R A K R M V E Q G R D V V I L M D S L T R L S R A Y N L T V T P S G R T L   :   5 5
Q 8 Y 0 5 7 | 2 3 1   :   T F D E P A V R H V Q V A E M V I E K A K R L V E L K K D V V I V L D S I T R L A R A Y N T V V P T S G K V L   :   5 5
Q 8 Y 4 A 3 | 2 3 0   :   T F D E V P E N H I K V A E L V L E R A M R L V E Q K R D V V I L M D S I T R L A R A Y N L V I P P S G R T L   :   5 5
Q 8 Y J S 9 | 2 3 4   :   T F D E P A A R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H G R D V V I L L D S I T R L G R A Y N T V V P S S G K V L   :   5 5
Q 8 Z A E 0 | 2 3 1   :   T F D E P A S R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K K D V I I L L D S I T R L A R A Y N T V V P A S G K V L   :   5 5
Q 9 2 7 U 2 | 2 3 0   :   T F D E V P E N H I K V A E L V L E R A M R L V E Q K R D V V I L M D S I T R L A R A Y N L V I P P S G R T L   :   5 5
Q 9 2 H L 2 | 2 6 3   :   T F D E P A S R H V Q L A E M V I K K A K R L V E H K K D V V I L V D A I T R L A R A Y N T V V P S S G K V L   :   5 5
Q 9 2 K W 0 | 2 3 4   :   T F D E P A T R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H G R D V V I L L D S V T R L G R A Y N T V V P S S G K V L   :   5 5
Q 9 3 1 H 3 | 2 4 0   :   T F D E P P E H H V K V A E L L L E R A K R L V E I G E D V I I L M D S I T R L A R A Y N L V I P P S G R T L   :   5 5
Q 9 3 Q 1 5 | 2 3 0   :   T F D E V P E N H I K V A E L V L E R A M R L V E Q K R D V V I L M D S I T R L A R A Y N L V I P P S G R T L   :   5 5
Q 9 7 F 6 3 | 2 9 2   :   T F D E E P E H H T K V A Y M V L E R A K R M V E Q G Q D V V I L L D S L T R L A R A Y N L T I T P T G R T L   :   5 5
Q 9 8 D Y 8 | 2 3 1   :   T F D E P A V R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H G R D V V I L L D S I T R L G R A Y N T V V P S S G K V L   :   5 5
Q 9 9 S D 7 | 2 4 0   :   T F D E P P E H H V K V A E L L L E R A K R L V E I G E D V I I L M D S I T R L A R A Y N L V I P P S G R T L   :   5 5
Q 9 A 2 1 1 | 2 9 4   :   T F D E P A T R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K R D V V I L L D S V T R L G R A Y N T T V P S S G K V L   :   5 5
Q 9 A G F 7 | 2 4 5   :   T F D E P P E H H V K V A E L L L E R A K R L V E I G E D V I I L M D S I T R L A R A Y N L V I P P S G R T L   :   5 5
Q 9 C J S 2 | 2 3 2   :   T F D E P A T R H V Q V A E M V I E K A K R S V E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V T P A S G K I L   :   5 5
Q 9 F 7 M 3 | 2 3 1   :   T F D E P P T R H V Q V A N M V I E K A K R L V E H K K D V V I L L D S I T R L G R A Y N S V Q P A S G K I L   :   5 5
Q 9 H T V 1 | 2 3 1   :   T F D E P P T R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V I P S S G K V L   :   5 5
Q 9 J V I 6 | 2 3 1   :   T F D E P A Q R H V Q V A E M V L E K A K R M V E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V V P T S G K I L   :   5 5
Q 9 K 0 I 3 | 2 3 1   :   T F D E P A Q R H V Q V A E M V L E K A K R M V E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V V P T S G K I L   :   5 5
Q 9 K 6 E 8 | 2 2 9   :   T F D E V P E N H I K V A E L V L E R A M R L V E H K K D V I I L M D S I T R L A R A Y N L V I P P S G R T L   :   5 5
Q 9 K V 5 0 | 2 3 1   :   T F D E P A S R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V V P A S G K V L   :   5 5
Q 9 P A 2 1 | 2 2 4   :   T F D E P A A R H V Q V A E M V I E R A K R L I E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N N V V P S S G K V L   :   5 5
Q 9 P J Q 0 | 2 3 2   :   T F D E Q P D R H I Q V A E M V I E K A R R L V E H G K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V Q P H S G K I L   :   5 5
Q 9 P N D 9 | 2 4 5   :   T F D L P A Y N H V R V A E L V I E K A K R M V E T G K D V I I L L D S I T R L A R A Y N T A T P S S G K V L   :   5 5
Q 9 Z 7 U 4 | 2 7 7   :   T F D E Q P E R H I Q V A E M V I E K A R R L V E H G N D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V Q P H S G K I L   :   5 5
Q 9 Z A G 7 | 2 3 2   :   T F D E P A T R H V Q V A E M V I E K A K R S V E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V T P V S G K I L   :   5 5
Q 9 Z H 3 0 | 2 3 0   :   T F D E V P E N H I K V A E L V L E R A M R L V E Q K R D V V I L M D S I T R L A R A Y N L V I P P S G R T L   :   5 5
R H O _ A Q U A E |   :   T F D E P P E R H M Q V A E I V V E K A K R M V E L K K D V V I L M D S L T R F T R A S N A V T P P T G R V L   :   5 5
R H O _ B A C S U |   :   T F D E V P E N H I K V A E L V L E R A M R L V E H K K Y V I I L M D S I T R L A R A Y N L V I P P S G R T L   :   5 5
R H O _ B U C A I |   :   T F D E P A S R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K K D V I I L L D S I T R L A R A Y N T V V P A S G K V L   :   5 5
R H O _ B U C A P |   :   T F D E P A S R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K K D V I I L L D S I T R L A R A Y N T V V P A S G K V L   :   5 5
R H O _ B U C B P |   :   T F D E P S S R H V Q V S E M V I E K A K R L V E H K K D V I I L L D S I T R L A R A Y N T V V P A S G K V L   :   5 5
R H O _ C H R V I |   :   T F D E P A T R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K R D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V V P L S G K V L   :   5 5
R H O _ D E I R A |   :   T F D E P P Q H H V R V A E F V H E R A R R I V E E G G H V V I L L D S I T R L A R A N N L V T P P T G R T L   :   5 5
R H O _ E C O L I |   :   T F D E P A S R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K K D V I I L L D S I T R L A R A Y N T V V P A S G K V L   :   5 5
R H O _ H A E I N |   :   T F D E P A T R H V Q V A E M V I E K A K R S V E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V T P A S G K I L   :   5 5
R H O _ H E L P J |   :   T F D L P A N N H I R I A E L V L E R A K R R V E M G K D V V V L L D S I T R L A R A Y N A V T P S S G K V L   :   5 5
R H O _ H E L P Y |   :   T F D L P A N N H I R I A E L V L E R A K R R V E M G K D V V V L L D S I T R L A R A Y N A V T P S S G K V L   :   5 5
R H O _ M I C L U |   :   T F D R P A D D H T T L A E L A I E R A K R L V E M G R D V V V L L D S M T R L G R A Y N L A A P A S G R I L   :   5 5
R H O _ M Y C B O |   :   T F D R P P S D H T S V A E L A I E R A K R L V E Q G K D V V V L L D S I T R L G R A Y N N A S P A S G R I L   :   5 5
R H O _ M Y C L E |   :   T F D R P P S D H T S V A E L A I E R A K R L V E Q G K D V V V L L D S I T R L G R A Y N N A S P A S G R I L   :   5 5
R H O _ M Y C T U |   :   T F D R P P S D H T S V A E L A I E R A K R L V E Q G K D V V V L L D S I T R L G R A Y N N A S P A S G R I L   :   5 5
R H O _ N E I G O |   :   T F D E P A Q R H V Q V A E M V L E K A K R M V E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V V P A S G K I L   :   5 5
R H O _ P S E F L |   :   T F D E P P T R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K K D V V I L L D S I T R L A R A Y N T V I P S S G K V L   :   5 5
R H O _ R H O S H |   :   T F D E P A T R H V A V A E M V I E K A K R L V E H K R D V V I L L D S I T R L G R A F N T V V P S S G K V L   :   5 5
R H O _ R I C P R |   :   T F D E P A S R H V Q L A E M V I E K A K R L V E H K K D V V I L V D A I T R L A R A Y N T V V P S S G K V L   :   5 5
R H O _ S A L T Y |   :   T F D E P A S R H V Q V A E M V I E K A K R L V E H K K D V I I L L D S I T R L A R A Y N T V V P A S G K V L   :   5 5
R H O _ S T R L I |   :   T F D R P A E D H T T V A E L A I E R A K R L V E L G H D V V V L L D S I T R L G R A Y N L A A P A S G R I L   :   5 5
R H O _ T H E M A |   :   P F D M P P D K Q V K V A E L T L E M A K R L V E F N Y D V V I L L D S L T R L A R V Y N I V V P P S G K L L   :   5 5
R H O _ T R E P A |   :   T F D E Q A T R H V Q I A E I V L E R A K R L V E H R K D V V I L L D S I T R L A R A Y N Q T M P T S G K V L   :   5 5
                          T F D E p     r H v   V A E   V i E k A K R L V E   k   D V v I L l D S I T R L a R A Y N   v   P   S G k   L          
  • Идентификатор: IPB011112D
  • ID: Rho_N; BLOCK
  • AC: IPB011112D
  • DE: Rho termination factor, N-terminal
  • Количество последовательностей (seqs): 140
  • Ширина блока (width): 55
  • Степень консервативности колонок отображена цветом в соответствии с 4 уровнями консервативности:
    • более 80% идентичности — красный цвет
    • более 60% идентичности — зелёный цвет
    • более 40% идентичности — жёлтый цвет
    • ниже 40% идентичности — белый цвет

Ссылка на этот блок в Internet'e находится здесь!

Веса аминокислотных замен

Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественного выравнивания блока IPB011112D из базы данных BLOCKS

Пара аминокислот nαβ pαβ qα qβ sαβ
P,P 1422 0,024 0,045 0,045 7,073
P,A 1173 0,019 0,045 0,091 4,488
P,Y 0 0 0,045 0,02 -

  • Расчёты велись с помощью программы pairs_count.exe, которая создала файл block_pairs.txt. В этом файле представлена матрица, элементы которой — это числа всевозможных замен некоторой аминокислоты α на аминокислоту β (nαβ). Ниже располагается количество всех замен (Total count) — 60445.
  • Доля замен аминокислоты α на аминокислоту β (pαβ) от общего количества всех замен:
    pαβ = nαβ/N, где N — это Total count.
  • Частота встречаемости аминокислот - qα:
    qα = pαα + Σ(pαβ/2), где α ≠ β
  • Веса аминокислотных замен - sαβ рассчитал по формулам:
    sαβ = 2*log2(pαβ/(qα*qβ)), если α = β
    sαβ = 2*log2(pαβ/(2*qα*qβ)), если α ≠ β.

    Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественных выравниваний 200 блоков из базы данных BLOCKS

    Пара аминокислот nαβ pαβ qα qβ sαβ
    P,P 5723846 0,024977 0,072323 0,072323 7,073334
    P,A 1117148 0,004875 0,072323 0,084599 -0,65553
    P,Y 253661 0,001107 0,072323 0,043737 -3,02945

    Расчёты проведены по формулам, приведённым выше, при N(Total count) = 229168446.

    Сравнение весов аминокислотных замен

    Пара аминокислот Блок Rho_N; BLOCK 200 блоков BLOSUM62
    P,P 7 7 7
    P,A 4 -1 -1
    P,Y - -3 -3

    В данной таблице содержатся веса аминокислотных замен (условные величины), рассчитанные на основе трёх источников: 1)Блок Rho_N; BLOCK, 2)200 блоков, 3)BLOSUM62. Первый рассчитан на основе сравнительно небольшого числа схожих белков, поэтому значения в этом столбце более специфичны. 200 блоков — это уже больше белков, а самый обширный источник — последний, поэтому значения в последнем столбце мы можем назвать статистическими. Ясно, что во всех трёх случаях максимальные очки (поощрения) даются замене аминокислоты Р на Р — это совпадание! Округлённые значения из последнего и предпоследнего столбца совпадают, т.к. они рассчитаны на оснавании большого числа схожих белков, в отличие от первого, где значения, как уже было написано, более специфичны. Прочерк для P,Y здесь по–видимому стоит из–за того, что такая замена в блоке Rho_N; BLOCK не встречается.
    © Бурлин Антон, 2005